工房を借りて、パンを作っていますがその場合でも登録はできますか？

そのような形態でも販売いただいている実績があります。
菓子製造の免許は必須となります。

各地域の保健所により指導が異なりますので、詳しくは保健所や行政にご確認いただけますと幸いです。